Cortex Command это одна из тех игр, где сюжет и смысл не так уж и важны. Гораздо важнее сам процесс. Cortex Command это комбинация стратегии и аркадного платформера. Необычное сочетание. В начале, игрок строит свою базу или бункер (в котором хранится банка с мозгами) и расставляет вокруг бункера своих солдат, роботов, раскладывает оружие и готовит десант. Противник делает то же самое. Потом начинается бой, цель которого добраться до бункера противника и сами понимаете.